Kのhimaブログ

暇人が気まぐれに語ります。

PCR検査のCt値について、ニューヨークタイムズから

またまた、ちょっと古いけど、分かりやすい記事を紹介。
PCR検査のCt値について、ニューヨークタイムズから引用します。
英語の勉強にもなっちゃいますよー。


後ほど翻訳も載せますので、ご安心を。
▼https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html
Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be.
The usual diagnostic tests may simply be too sensitive and too slow to contain the spread of the virus.
「通常の診断テストでは、単に感度が高すぎて、ウイルスの拡散を抑えるのに時間がかかりすぎるのかもしれません」
より

The most widely used diagnostic test for the new coronavirus, called a PCR test, provides a simple yes-no answer to the question of whether a patient is infected.


But similar PCR tests for other viruses do offer some sense of how contagious an infected patient may be: The results may include a rough estimate of the amount of virus in the patient’s body.


“We’ve been using one type of data for everything, and that is just plus or minus — that’s all,” Dr. Mina said. “We’re using that for clinical diagnostics, for public health, for policy decision-making.”


But yes-no isn’t good enough, he added. It’s the amount of virus that should dictate the infected patient’s next steps. “It’s really irresponsible, I think, to forgo the recognition that this is a quantitative issue,” Dr. Mina said.


The PCR test amplifies genetic matter from the virus in cycles; the fewer cycles required, the greater the amount of virus, or viral load, in the sample. The greater the viral load, the more likely the patient is to be contagious.


This number of amplification cycles needed to find the virus, called the cycle threshold, is never included in the results sent to doctors and coronavirus patients, although it could tell them how infectious the patients are.


In three sets of testing data that include cycle thresholds, compiled by officials in Massachusetts, New York and Nevada, up to 90 percent of people testing positive carried barely any virus, a review by The Times found.


On Thursday, the United States recorded 45,604 new coronavirus cases, according to a database maintained by The Times. If the rates of contagiousness in Massachusetts and New York were to apply nationwide, then perhaps only 4,500 of those people may actually need to isolate and submit to contact tracing.


One solution would be to adjust the cycle threshold used now to decide that a patient is infected. Most tests set the limit at 40, a few at 37. This means that you are positive for the coronavirus if the test process required up to 40 cycles, or 37, to detect the virus.


Tests with thresholds so high may detect not just live virus but also genetic fragments, leftovers from infection that pose no particular risk — akin to finding a hair in a room long after a person has left, Dr. Mina said.


Any test with a cycle threshold above 35 is too sensitive, agreed Juliet Morrison, a virologist at the University of California, Riverside. “I’m shocked that people would think that 40 could represent a positive,” she said.


A more reasonable cutoff would be 30 to 35, she added. Dr. Mina said he would set the figure at 30, or even less. Those changes would mean the amount of genetic material in a patient’s sample would have to be 100-fold to 1,000-fold that of the current standard for the test to return a positive result — at least, one worth acting on.


The most widely used diagnostic test for the new coronavirus, called a PCR test, provides a simple yes-no answer to the question of whether a patient is infected.


新型コロナウイルスの診断に最も広く使われているPCR検査は、患者が感染しているかどうかという質問に対して、「はい」「いいえ」というシンプルな答えを出すものである。



But similar PCR tests for other viruses do offer some sense of how contagious an infected patient may be: The results may include a rough estimate of the amount of virus in the patient’s body.


しかし、他のウイルスに対する同様のPCR検査では、感染した患者の感染力をある程度把握することができます。その結果、患者の体内にあるウイルスの量を大まかに知ることができます。



“We’ve been using one type of data for everything, and that is just plus or minus — that’s all,” Dr. Mina said. “We’re using that for clinical diagnostics, for public health, for policy decision-making.”


「私たちはすべてに1つのタイプのデータを使用してきましたが、それはプラスマイナスだけです。それだけです」とミナ博士は言いました。「私たちはそれを臨床診断、公衆衛生、政策決定に使用しています。」



But yes-no isn’t good enough, he added. It’s the amount of virus that should dictate the infected patient’s next steps. “It’s really irresponsible, I think, to forgo the recognition that this is a quantitative issue,” Dr. Mina said.


しかし、はい-いいえは十分ではありません、と彼は付け加えました。感染した患者の次のステップを決定するのはウイルスの量です。「これが量的な問題であるという認識を放棄することは本当に無責任だと思います」とミナ博士は言いました。



The PCR test amplifies genetic matter from the virus in cycles; the fewer cycles required, the greater the amount of virus, or viral load, in the sample. The greater the viral load, the more likely the patient is to be contagious.


PCR検査では、ウイルスの遺伝子を増幅するサイクルを繰り返します。
必要なサイクルが少ないほど、サンプル内のウイルス量またはウイルス量が多くなります。ウイルス量が多いほど、患者は伝染する可能性が高くなります。



This number of amplification cycles needed to find the virus, called the cycle threshold, is never included in the results sent to doctors and coronavirus patients, although it could tell them how infectious the patients are.


このウイルスを見つけるために必要な増幅サイクル数(サイクル閾値と呼ばれる)は、医師やコロナウイルス患者に送られる検査結果には含まれていないが、患者の感染力を知ることができる。



In three sets of testing data that include cycle thresholds, compiled by officials in Massachusetts, New York and Nevada, up to 90 percent of people testing positive carried barely any virus, a review by The Times found.


マサチューセッツ州、ニューヨーク州、ネバダ州の当局がまとめたサイクルしきい値を含む3つの検査データでは、陽性と判定された人の最大90%がほとんどウイルスを保有していなかったことが、『タイムズ』紙の調査で判明した。



On Thursday, the United States recorded 45,604 new coronavirus cases, according to a database maintained by The Times. If the rates of contagiousness in Massachusetts and New York were to apply nationwide, then perhaps only 4,500 of those people may actually need to isolate and submit to contact tracing.


タイムズ紙が管理するデータベースによると、木曜日、米国では新たに45,604人のコロナウイルス感染者が記録された。もし、マサチューセッツ州とニューヨーク州での伝染率が全国的に適用されるとすれば、実際に隔離して接触者の追跡調査を行う必要があるのは、そのうちの4,500人だけかもしれない。



One solution would be to adjust the cycle threshold used now to decide that a patient is infected. Most tests set the limit at 40, a few at 37. This means that you are positive for the coronavirus if the test process required up to 40 cycles, or 37, to detect the virus.


一つの解決策は、患者が感染していると判断するために現在使用されている周期の閾値を調整することである。ほとんどの検査では40が限界で、37が限界とされています。つまり、コロナウイルスを検出するために、検査工程で最大40サイクル、つまり37サイクルが必要であれば、コロナウイルスは陽性であるということになります。



Tests with thresholds so high may detect not just live virus but also genetic fragments, leftovers from infection that pose no particular risk — akin to finding a hair in a room long after a person has left, Dr. Mina said.


閾値が高い検査では、生きたウイルスだけでなく、特に危険性のない感染の残り物である遺伝子断片も検出される可能性があります。
これは、人が去った後もずっと部屋で髪の毛を見つけるのと同じです。



Any test with a cycle threshold above 35 is too sensitive, agreed Juliet Morrison, a virologist at the University of California, Riverside. “I’m shocked that people would think that 40 could represent a positive,” she said.


カリフォルニア大学リバーサイド校のウイルス学者であるジュリエットモリソン氏は、サイクルしきい値が35を超えるテストは感度が高すぎると同意しました。「40がポジティブを表すことができると人々が考えることにショックを受けました」と彼女は言いました。



A more reasonable cutoff would be 30 to 35, she added. Dr. Mina said he would set the figure at 30, or even less. Those changes would mean the amount of genetic material in a patient’s sample would have to be 100-fold to 1,000-fold that of the current standard for the test to return a positive result — at least, one worth acting on.


より合理的なカットオフは30から35になるだろうと彼女は付け加えた。Mina博士は、30またはそれ以下の数値に設定すると述べています。これらの変更により、患者のサンプルに含まれる遺伝物質の量が現在の基準の100倍から1,000倍でなければ、検査で陽性の結果が得られないことになり、少なくとも行動に移す価値があるということになる。



以上、ニューヨークタイムズ、DeepL翻訳およびgoogle翻訳でお送りしました。